Tổng cộng có 37 đội tham dự AFC Champions League 2012[8]:

• 28 đội (14 từ Tây Á, 14 từ Đông Á) vào thẳng vòng bảng.
• 9 đội (5 từ Tây Á, 4 từ Đông Á) tham dự vòng loại, được chi thành hai vòng. 4 đội thắng (2 từ Tây Á, 2 từ Đông Á) lọt vào vòng bảng. Các đội thua chung kết vòng loại tham dự vòng bảng AFC Cup 2012. Tuy nhiên, đội thua bán kết vòng loại sẽ bị loại khỏi hệ thống giải đấu của AFC, thay vì tham dự AFC Cup.

Chú thích:

• TH: Đương kim vô địch
• AC: Đội vô địch AFC Cup
• AC 2nd: Á quân AFC Cup
• 1st, 2nd, 3rd,...: Vị trí tại giải quốc nội
• CW: Đội vô địch cúp quốc gia

• † Bunyodkor (Uzbekistan) được chuyển qua khu vực Đông Á.[8]
• ‡ Ban đầu, Persipura Jayapura không đủ điều kiện tham gia nhưng vì đã kháng cáo Tòa án Trọng tài Thể thao, CAS đã ra phán quyết vào ngày 1 tháng 2 năm 2012 rằng họ nên được xoá án tạm thời trong giải đấu và được quyền chơi ở vòng loại.[11]
• Al-Kuwait (Kuwait), đội á quân AFC Cup 2011 runners-up, không đủ điều kiện tham dự AFC Champions League 2012, và sau đó được vào thẳng vòng bảng AFC Cup 2012. Nasaf Qarshi (Uzbekistan), đội vô địch AFC Cup 2011, đã đủ điều kiện tham dự vòng bảng thông qua vị trí của họ tại giải quốc nội.[8]